Le département Genre et inclusion sociale est chargé de la coordination des actions de l’AMR dans le domaine de la promotion de la santé communautaire de l’Emporwerment des femmes et des jeunes et l'ANJE. Le département assure la conduite des actions du département, assurer le suivi et l’évaluation des projets du département. Le département assure aussi les réflexions stratégiques sur les effets et impacts des actions du département, mais aussi des réflexions prospectives sur les enjeux liés au département.